Jatuh Bangun Di Abad 21
Dalam tahun-tahun ini, performa club sudah bermacam. FC menggenggam ketidaksamaan yang menyangsikan dari kekeringan gol terjelek dalam riwayat Bundesliga: di tahun 2002, beberapa simpatisan harus menanti 1034 menit yang menganiaya (sama dengan 11-dan-setengah laga) sampai Thomas Cichon mendapatkan sisi belakang jaring lagi.
Pada beberapa tahun awal Bundesliga, 1. FC Köln ialah club paling sukses di Jerman Barat dalam soal keseluruhan point yang dimenangi. Diawali pada awal 1990-an, bagaimana juga, performa club turun, serta di tahun 1998 di turunkan untuk kali pertamanya. Semenjak seputar 2000, teamnya sudah jadi "team yo-yo", bergerak antara seksi pertama serta ke-2. Itu sudah kembali pada Bundesliga di akhir musim 2004-05 untuk 2. juara Bundesliga sesudah terdegradasi musim awalnya. Sedikit ada kepercayaan diri mengenai kembalinya mereka ke papan atas saat mereka diambil oleh kicker majalah sepakbola Jerman untuk salah satunya club yang sangat kemungkinan terdegradasi.
Perkiraan ini jadi fakta saat Köln kalah dari Hamburger SV 1-0 di laga ke-3 sampai paling akhir musim ini. Club mengakhiri musim dalam tempat ke-2 paling akhir serta terdegradasi sesudah kecolongan 71 gol terjelek di liga. Pembuat gol paling banyak team ialah Cederas Podolski dengan keseluruhan 12 gol, yang ditransfer ke Bayern Munich sesudah akhir musim. Ia tampil bersama-sama timnas Jerman di Piala Dunia FIFA 2006.
Di akhir 2006, bekas pelatih Christoph Daum diyakinkan untuk satu kali lagi menggantikan pimpinan 2. club Bundesliga serta sukses pimpin club kembali pada Bundesliga pada 2008. Sesudah kampanye Bundesliga yang sukses pada 2008-09, Daum tinggalkan Köln untuk pekerjaannya. bekas club Fenerbahce. Bekas penyerang Köln Cederas Podolski kembali lagi untuk musim 2009-10.
Sesudah performa jelek pada musim 2010-11, cuma menulis satu kemenangan dari sembilan laga Bundesliga, Köln gantikan pelatih Zvonimir Soldo dengan Frank Schaefer. Schaefer, yang awalannya bertanggungjawab atas team di bawah 23 Köln, putuskan sesudah musim jika dia semakin senang habiskan semakin banyak waktu bersama-sama keluarganya dibanding jadi pelatih di Bundesliga. Bekas pelatih internasional Norwegia serta Copenhagen belakangan ini Ståle Solbakken menggantinya. Sesudah memperoleh cuma delapan point dalam 13 laga pertama paruh ke-2 musim ini, Schaefer serta bekas pemain Köln Dirk Lottner gantikan Solbakken. [6] Club, bagaimana juga, terdegradasi di akhir musim, usai di tempat 17, sesudah mengakumulasikan utang € 33m, serta € 11m ekuitas negatif.